La Facoltà Teologica nella città di Napoli è esistita presso l’Università degli Studi dalle origini di questa (sec. XIII) sino all’anno 1861. Nel corso dei secoli, i docenti di tale Facoltà appartennero a vari ordini religiosi e al clero diocesano, e molti di essi ebbero contemporaneamente anche compiti didattici nel Seminario arcivescovile, eretto dall’arcivescovo Mario Carafa nel 1568. Nella stessa città di Napoli l’Almo Collegio dei Teologi ebbe il potere di conferire i gradi accademici in Sacra Teologia almeno fin dal sec. XVIII. Nel 1816 un decreto regio stabiliva che i gradi accademici in Sacra Teologia venissero conferiti da un consiglio misto, composto da professori dell’Università degli Studi e da membri del Collegio dei Teologi.
Dopo la soppressione delle Facoltà Teologiche presso le Università italiane, avvenuta con la Legge Imbriani del 16 febbraio 1861, i maestri dell’Almo Collegio dei Teologi chiesero al papa Pio IX, insieme al riconoscimento delle loro Costituzioni, l’autorità di conferire i gradi accademici in Sacra Teologia iure proprio. A questa richiesta il papa aderiva con la bolla Inter gravissimas del 27 marzo 1874 e concedeva «ut exinde praedictum Neapolitanum Theologorum Collegium Academicos gradus, nimirum Baccalaureatus, Licentiae, et Laureae Doctoralis in S. Teologia, ex Apostolicae huius Sedis privilegio, et ad eiusdem beneplacitum conferre libere et licite valet».
Il Collegio dei Teologi, quindi, esercitò tali diritti al posto della soppressa Facoltà Teologica Napoletana, ininterrottamente sino alla costituzione apostolica Deus scientiarum Dominus di Pio XI. Lo stesso papa, il 27 agosto 1938, restituiva ad experimentum la Facoltà Teologica, eretta poi con rescritto del 19 settembre 1938, festa liturgica di san Gennaro, patrono dell’Arcidiocesi di Napoli.
Papa Pio XII, con lettera della Sacra Congregazione dei Seminari, il 31 ottobre 1941, concedeva a sua volta il riconoscimento giuridico della Facoltà Teologica Napoletana senza limitazione di tempo.
In ultimo, il 5 giugno e il 18 settembre 1967, con lettere della Sacra Congregazione dei Seminari e delle Università degli Studi, veniva confermata la condizione giuridica della Facoltà Teologica presso il Seminario arcivescovile di Napoli e si approvava il piano di rinnovamento degli studi teologici secondo gli orientamenti indicati dal Concilio Vaticano II.
In conformità con le direttive dello stesso Concilio e con le norme emanate dalla Congregazione per l’Educazione Cattolica circa la pianificazione delle Facoltà Teologiche, nel 1969 è stata costituita la Pontificia Facoltà Teologica dell’Italia Meridionale. Allo stato attuale essa è articolata in due Sezioni: la Sezione S. Tommaso d’Aquino, che corrisponde alla Facoltà Teologica Napoletana già esistente presso il Seminario maggiore arcivescovile di Napoli, e la Sezione S. Luigi, che corrisponde alla Facultas Theologica S. Aloisii ad Pausilypum.